针对有明确单基因遗传病和高危传递染色体病（如罗伯逊易位）的IVF夫妇，常规进行胚胎植入前遗传学诊断（preimplantation genetic diagnosis，PGD），选择无遗传学疾病的胚胎进行移植，可以有效避免由于基因异常造成的胚胎丢失。

对于高龄女性，理论上使用胚胎植入前遗传学筛查（preimplantation genetic screening，PGS）对胚胎进行染色体非整倍体分析，选择整倍体胚胎移植可增加胚胎种植率及减少流产率。但是，目前的多数研究未能支持上述结论，这可能与胚胎卵裂球存在嵌合体、对胚胎进行活检的附加伤害以及传统的免疫荧光杂交法只能同时检测有限数量的染色体（一般不超过9对染色体）有关。

近年来越来越多的生殖中心应用囊胚的滋养层细胞活检以及基因芯片对高龄患者的胚胎进行PGS，上述改良技术可以有效降低IVF的流产率。但是基因芯片价格昂贵、不能诊断平衡易位携带者、缺乏大样本的随机对照研究使得该技术现今不能在临床上大规模推广。